Laboratorium Pengembangan Produk Agroindustri juga memiliki sarana mini factory sebagai fasilitas utama dalam menjalankan Project Based Learning (PBL). Ruang Riset Pengolahan Kakao dan Inkubasi adalah bentuk kerja sama Program Studi dan PT Mayora Indah Tbk untuk mewujudkan kolaborasi antara institusi pendidikan dengan industri. Kerja sama diinisiasi sejak tahun 2017 dan ditandatangani pada tahun 2018.
Ruang Riset Pengolahan Kakao dan Inkubasi merupakan mini factory sebagai tempat mahasiswa belajar dan praktik pengolahan kakao mulai dari penyangraian hingga menjadi produk akhir berupa coklat batang, bubuk coklat, maupun produk samping berupa lemak kakao.
Fasilitas yang dimiliki adalah sebuah 1 set mini factory untuk pengolahan kakao dari bentuk biji hingga menjadi produk coklat.
Pengembangan Ruang Riset Pengolahan Kakao dan Inkubasi mendapatkan dukungan dari JICA untuk pengadaan alat pengolahan kakao berupa cylindrical roaster, cocoa winnower, refiner chonce, dan wheel tempering yang saat ini dalam proses pengadaan. Sedangkan dukungan dari KEMENDIKBUD, Ruang Riset Pengolahan Kakao dan Inkubasi mendapatkan dukungan untuk pengadaan peralatan berupa freeze dryer, spray dryer, UTM, rotary vaporator, dan mesin pemroses makanan dan minuman lainnya.
Peralatan laboratorium yang digunakan pada ruang riset pengolahan kakao dan inkubasi
| Kategori I | Kategori II |
| Perangkat mencetak adonan cokelat (1 set) | Alat ukur kadar air Biji Kakao Tipe Digital (DIGI MOST) (1 unit) |
| Refrigerator (1 set) | Alat uji belah kakao (cutest) (1 unit) |
| Mesin sangrai kakao (Roaster) (1 unit) | |
| Mesin pemecah kulit dan pemisah biji kakao sangrai (desheller) (1 unit) | |
| Mesin Pemasta Kasar Cokelat (1 unit) | |
| Mesin Penghalus lanjut (Refiner) (1 unit) | |
| Mesin Koncing (choncing) (1 unit) | |
| Pengempa lemak manual (1 unit) | |
| Mesin pembubuk cochlea (1 unit) |
